Hero Side
Sonic, lazur jeż posiadający niezwykłą szybkość, zostaje wmieszany w kradzież szmaragdu chaosu spośród miejskiego banku, spośród którego owo powodu zostaje ujęty podobnie zatrzymany przez Guardian Unit of Nations (w skrócie GUN, Międzynarodowe Siły Ochrony). w ciągu przelotu helikopterem nad miastem Sonic uwalnia się spośród kajdan, odrywa wyjątek helikoptera w sprawie użycia go jak deski snowboardowej podobnie zeskakuje spośród ogromnej wysokości na ulice miasta. Po ucieczce nim policyjnym pościgiem podobnie pokonaniu oddziału wojska, dochodzi aż do konfrontacji Sonica spośród Shadowem, prawdziwym złodziejem szmaragdu. Shadow używa mocy szmaragdu w sprawie zastosowania Chaos Control podobnie ucieczki nim niebieskim jeżem. Sonic zostaje powtórnie złapany podobnie umieszczony w odizolowanym wojskowym więzieniu Prison Island.
W międzyczasie Knuckles ma zadanie spośród Głównym Szmaragdem, na rezultat tego że tajemnicza Rouge the bat próbuje go ukraść. łapiduch Eggman, opętańczy naukowiec marzący o dominacji nad światem, wykorzystuje kłótnie pośrodku postaciami podobnie kradnie go. Knuckles orientuje się w porę podobnie niszczy szmaragd, rozbijając go na pieniądz zdawkowy kawałeczki. W tej sytuacji zobowiązany jest wyruszyć w podróż na rzecz zebrania wszystkich małych kawałków szmaragdu.
W tym czasie aż do więzienia na wyspie dostaje się Tails, najważniejszy kamrat Sonica. Uwalnia go spośród celi podobnie ratuje Amy Rose nim Eggmanem. Tails wierzy w wstydliwość Sonica podobnie razem postanawiają odszukać prawdziwego sprawcę kradzieży. Sonic odnajduje Shadowa na pobliskiej wyspie, dochodzi aż do ich potyczki, owszem są zmuszeni ją przerwać, na rezultat tego że Eggman informuje ich, iż wyspa zaraz wybuchnie.
Niedługo spośród kolei bohaterowie są świadkami jak Eggman korzystając spośród swojej potężnej broni, Eclipse Cannon, niszczy połowę księżyca podobnie szantażuje człowieczeństwo zniszczeniem Ziemi. Wiedzą, że Eggmanowi brakuje tylko siódmego szmaragdu chaosu iżby zatuszować ich planetę, na rezultat tego razem wyruszają w stronę ARK, opuszczonej stacji kosmicznej, iżby zatuszować broń nim jej użyciem.