Dark Side
Doktor Eggman dowiaduje się o precyzyjnie tajnej militarnej broni ukrywanej przez GUN również stworzonej przez jego dziadka, Geralda Robotnika, o tajemniczej nazwie "Projekt Shadow". Włamuje się do Prison Island w poszukiwaniu strzeżonej broni, niszcząc pełnia co napotka na swojej drodze. Po długich poszukiwaniach odnajduje to, czego szukał.
Aktywując strzeżoną komorę, odkrywa czym jest "Projekt Shadow" - czarny jeż o niezwykłej szybkości również sprawności, wybitnie przypominający jego odwiecznego wroga, Sonica. Shadow przedstawia siebie w charakterze najpotężniejszą spośród istot również obiecuje zaspokoić jedno postulat doktora w miejsce zbyt wypuszczenie go na wolność.
Następnie zaprasza Eggmana na opuszczoną stację kosmiczną, ARK, gdzie prezentuje mu potężną uzbrojenie o nazwie Eclipse Cannon, która jest w stanie zniszczyć całą planetę. Shadow również Eggman uzgadniają plan, aby zdobyć wszystkie 7 szmaragdów chaosu w sprawie zasilenia broni aby spośród kolei brać do niewoli Ziemią zbyt pośrednictwem groźbie zniszczenia całej planety. Tajemnicza złodziejka Rouge the szpicruta postanawia ulżyć złowrogiej dwójce, chociaż jej motywy nie są znane.
Dzięki współpracy całej trójki udaje im się zdobyć wszystkie 7 szmaragdów, chociaż przez ciągle mają na uwadze działania Sonica, który próbuje ich powstrzymać. wprzódy jakkolwiek Eggman wywołuje panikę na Ziemi używając cząstki mocy Eclipse Cannon w sprawie zniszczenia fragmentu księżyca również pokazaniu niszczycielskiej mocy działa. Sonic nie pozostaje zrezygnowany również dostaje się na opuszczoną kolonię, jakkolwiek robi owo zbyt późno, bowiem Eggman wprzódy jest w posiadaniu mocy pozwalającej zasilić broń.